“哒~哒~哒~哒~”小智和皮卡丘骑着烈焰马，“烈焰马就是这里了。”来到大傻谷；有一大群人来来往往，不用说也知道他们是来寻找宝可梦化石的。
“嗨~我还以为是谁原来是小智啊！”小智调头一看原来是小茂（穿着一身考古装备）。
“小茂，你也来寻找宝可梦化石啊。”
“那当然，因为发现了宝可梦化石，所以掀起了一阵寻找宝可梦化石的热潮。倒是你还真是土啊，竟然还骑宝可梦（烈焰马）。”小茂一如既往的用看不起人的讨厌的口气嘲讽小智。
“骑宝可梦有什么不好？既能锻炼宝可梦，又能环保，比你的车好多了。”小智说道。
“你是嫉妒吧~”小茂偷笑着说道。
“哪有啊……”两股气场开始相互对立。
“你们两个怎么又吵起来啦！”熟悉的声音打断了他们。
“小蓝！”“小霞！小刚！”
“嘿~，小智还有小茂。”
“小霞、小刚你们果然来了。”
“那是当然的。”其实小智早就和小霞、小刚约好要在大傻谷碰面一起旅行。
话不多说五人一起进入大傻谷，里面有一大堆人在四处挖掘。
“砰——！”小茂挖到了一样东西。
小茂的啦啦队欢快帮他庆祝，化石搜寻者拿起那块东西，拿出放大镜仔细的看了看。小茂高兴的问道：“这是什么宝可梦的化石？”
化石搜寻者把那块东西还给小茂，说道：“这是宝可梦的‘大便化石’。”
“哎哟！”小茂当场扑街。啦啦队哭丧道：“讨厌，大便！！！！”
“呵呵呵~~”小蓝在一旁偷笑。
小智拿出卡蒂狗；和小霞、小刚四处寻找挖掘。
“汪汪~！”
“卡蒂狗发现什么了吗？”卡蒂狗抬起头跑了起来，小智立刻追了去，小霞、小刚也跟了去。跑着跑着卡蒂狗停了下来，小智问道：“到底发现什么？”
“汪汪~”好像是要他们看前面。
小智三人往前一看，原来是火箭队，仔细一看他们在安装炸弹。
“火箭队你们在干什么？！”
“…………（火箭队开场白）”
“我们想炸掉岩盘找出化石。”
“这样子的话在挖掘的人就有危险了！”
“我去阻止他们，小霞跟小刚你们两个去转告大家，叫大家赶快逃走！”
“知道了！”
于是小霞跟小刚立刻去转告大家炸弹的事，小智一人和皮卡丘阻止火箭队引爆炸弹，但还是太迟了。炸弹引爆了，不过没想到炸弹之爆了一个裂缝，害的小智他们和火箭队掉了下去，岩石也跟着落下，把裂缝堵住了。
“小智！”“皮卡丘！”小刚跟小霞立刻开始搬石头，想把小智和皮卡丘救出来。
另一边小智抓住皮卡丘和卡蒂狗调整了一下姿势完美落地，火箭队却摔惨了。
“这里是……”
“这个地方阴森森的。”
“原来如此，我知道了，这里是地下洞窟，刚才那场大爆炸，在这个洞窟面开了个大洞，我们从那个洞掉下来的。”喵喵解释道。
“还不都是你们害的！”
“皮卡~皮~！”
“汪汪~！”
吵归吵，但现在出去才是最重要的——小智很快想到办法刚要行动，突然发现在暗处有红色的光芒。
“卡蒂狗，拜托了。”卡蒂狗对几个地方使用了喷射火焰让周围亮起来，原来是起群古代宝可梦，有岩盘菊石兽（两只）、多刺菊石兽（两只）、化石盔（两只）、镰刀盔（两只）。
“啊~想不到这里会有古代宝可梦。”小智看到这些化石宝可梦非常激动。
不过它们看起来好像不太友好，眼睛充满了血丝，好像很生气，可能是被吵醒很生气。小智和火箭队联手对抗这些化石宝可梦，但火箭队一下就不行了，变成小智一个人在打。
“吼——！！”一声巨大的吼叫，化石宝可梦们逃走了，接着一个黑影。
“是化石翼龙！！”小智话音刚落化石翼龙就冲了来，小智灵巧的一躲，化石翼龙反而抓住了一旁的火箭队。
“快救救我们！！！×3”
“小智！”
“皮卡丘！”
这时面传来了小刚跟小霞的声音，堵住洞口的石块落了下来。化石翼龙肯是因为听到声音，带着火箭队飞出洞窟，出现在众人面前。在地下的小智拿出精灵球发射器拆下枪管换了个带爪钩和转轮的枪管，对着洞口射出绳索抱住卡蒂狗，皮卡丘跳到他脖子紧紧抓住，枪把钩索抽回，通过反作用力，把他们拉去，小智带着皮卡丘和卡蒂狗冲出了洞窟。刚出洞就看见小蓝已经和化石翼龙开战了。
小智在天青山的事结束之后就想到为了各种情况改造发射器，在狩猎地带后就决定改造成爪钩枪。
“妙蛙草，毒粉！”化石翼龙飞了起来躲过了毒粉（火箭队已经不知道被化石翼龙扔那儿了）。
化石翼龙对着妙蛙草使出了翅膀攻击，妙蛙草被打了个措手不及，滚到了小蓝身边。“妙蛙草。”小蓝心疼的抱住它。可能是为了不让小蓝担心妙蛙草站了起来，全身冒出了光，身体开始变大背的蓓蕾绽放开来，“妙蛙草？”妙蛙草进化成了妙蛙花，小蓝非常的高兴。
可还没等小蓝高兴太久一道破坏光线袭了过来，妙蛙花使出进化后学会的新招式花瓣舞挡住了破坏光线。
“好妙蛙花，花瓣舞！”小蓝重整姿势再次向化石翼龙发出挑战。化石翼龙受到龙卷风一般的花瓣的袭击，受了击重击。
“好再来一次，花瓣舞！”可妙蛙花看起好像不太对劲，看来是因为花瓣舞陷入混乱了。化石翼龙已经被激怒向她们冲了过来。
“喷火龙，快去救她们！！”小智立刻扔出喷火龙，喷火龙挡下化石翼龙的攻击保护了她们。“小蓝交给我吧。”
“嗯，交给你了。”小蓝收回妙蛙花退到小霞身边。（青梅竹马间的默契）
“喷火龙，龙爪！”喷火龙一个龙爪将化石翼龙逼退。
“喷射火焰！”小智毫不留情让喷火龙用喷射火焰攻击化石翼龙，喷射火焰重重的打在化石翼龙的脸，化石翼龙意识到不是对手转身逃走。小智眼疾手快立刻快速把爪钩枪管拆下，换回精灵球发射管，装精灵球调回精灵球发射器模式。
小智刚瞄准化石翼龙想发射精灵球，飘来一个“粉色的球状物体”出现在小智的视线，“那个…难道…是……”小智全身不断冒出汗液。粉色的球状物体落到了众人面前，原来是一只“拿着麦克风的胖丁”。
“是它！”
“是那个时候的胖丁。”
“它一直跟着我们耶。”
小智机器似的转过头向小蓝她们问道：“你们…认识啊……”
“是我们在霓虹镇附近的树林遇到的胖丁，小霞决定捕捉胖丁，但发现这只胖丁失去了唱歌能力，于是我们就帮助它找到了恢复声音的树果并它唱歌，但被催眠了让它很生气。于是它在我的包里找到了麦克笔在我们脸涂鸦。”
“不会吧，该来的还是来啦。”小智此时已是汗流浃背，当时为了不碰它特意绕过霓虹镇，没想到还是逃不过这样的命运。
胖丁已经站在自以为是舞台的探照灯下的椅子，唱起了它的催眠歌（它不知道唱歌是一种会使目标陷入睡眠的招式），在场的所有人和宝可梦都睡着了，化石翼龙掉回了洞窟里，周边的岩石也跟着落下填满了洞窟。胖丁唱完看到大家都睡着了气的膨胀起来，然后用它麦克风里的马克笔在大家的脸画涂鸦。
众人醒来脸都画了涂鸦，君莎小姐说，“是听到胖丁的歌而睡着做的梦，由于现在大傻谷有全谷塌陷的危险，要封锁大傻谷。”
小智低着头不甘道：“要不是因为胖丁，我就能收服化石翼龙了……”
小蓝拍了拍小智的肩膀，“好啦，都过去了。”（她的妙蛙草进化成了妙蛙花，她还在兴头）。
“对了…我发现了这个。”小智说着从包里拿出了一颗蛋，是他在睡着的时候迷迷糊糊抱住的。“小霞这个给你吧。”小智觉得它还是应该是属于小霞。
“谢谢……”小霞虽然有些由于想问小智为什么要把蛋给她，但还是没说出口收下了蛋。
就这样小霞跟小刚加入了队伍，三人终于一起开始了旅程。