虽然在狩猎地带没收服到30只宝可梦，但还是有了新伙伴的加入，那就是袋兽母子。一路旅行的小智和皮卡丘顺路来到黑暗市，一个在白天街道都十分冷清萧条的小镇。
“一个人也没有，这里不会是荒城吧？”
突然屋顶飞来几块石头，小智伸手，“唰唰唰——”就全部抓住扔了回去。
“啊！！！”三个小孩掉了下来，还好掉到草堆里。
“你们三个搞什么呢？”小智很有耐心的说道。
“你们不是宝可梦训练家吗？”
“是啊！我是真新镇的小智，他是…！”小智话还没说完，带头的小孩就掏出根棍子打了过来，但很快就发现棍子不见，到了小智手里。
“你们三个为什么这么讨厌宝可梦？”三个小孩开始害怕起来，以为小智想打他们，其实小智只是想逗他们玩。
“请等一下。”一个男人走了过来，“对不起，这些孩子好像给你制造困扰了，你们到我家来一下好不好？让我好好地向你道个歉。”于是小智和皮卡丘来到他们家的餐厅。
在餐厅里，小智了解到这个城镇会如此衰败，就是因为城里的亚斯道馆和卡兹道馆为了获得宝可梦联盟的承认成为黑暗市的正式道馆而互相斗争。有个人在注视着他们。
“开始了！”就在小智和皮卡丘在吃饭的时候，外面突然一整骚动，店长解释道：“是亚斯道馆跟卡兹道馆的小斗争，你们赶快躲到二搂去，如果被卷入斗争的话那就糟糕了。”
在二搂，看着窗外的斗争小智心里七八下的，想起以前在书看到的战争史。“我要去阻止他们。”说完小智起身准备下楼。
“啊额额额~”小智刚想下楼，就听见老板的呻吟。
“老板，来三十份便当。”
“限你一个小时之内送到卡兹道馆。”
“可是这卡兹道馆他们最近一直都赊欠没有付过款那？”老板慌张的说道。
“你的意识是，不准我们再赊欠了是不是？”
“即使你知道我们是卡兹道馆申请过来的武功高强的打手也一样。”三个自称是卡兹道馆的人，像强盗一样威胁老板。
“不行的，这样下去本餐厅会垮掉的。”老板苦笑道。
“你好像希望这家餐厅垮掉哦~”
“没关系，你希望垮掉的话我们就如你所愿。”三人中的两人威胁道。
“我可是很诚心的，千万不要这么说好不好？”老板苦求道。
“诚心？”
“诚意？”
“……（火箭队开场白）”三人公开了他们的真实身份，原来他们是火箭队。
“皮卡丘，十万伏特。”
“皮~卡~丘~！！！”
“好讨厌的感觉！！！×3”火箭队刚想袭击老板就被皮卡丘的十万伏特送走。
小智和皮卡丘刚扶起老板，就出现了一个小姐邀请他去帮亚斯道馆。小智犹豫了一下，决定，去看看讲讲道理，说不定能开导一下亚斯道馆的人。结果根本讲不通，还差点被修理了一顿。小智可不傻要是刚才动手的话说不定会反帮卡兹道馆，所以就逃回了餐厅。
很快争斗又开始了，双方为了挣钱，所以都想成为黑暗市唯一的官方指定道馆。“吧×2，电击兽（飞天螳螂）！！”亚斯和卡兹分别拿出了他们最强的宝可梦，打了起来。
双方道馆的手下也拿出宝可梦开战。因为马联盟的鉴定员就要来黑暗市，所以这是最后的战斗。
“皮卡丘，十万伏特！喷火龙，喷射火焰！”正在他们打的难分难解的时候小智带着他的宝可梦杀了出来，挡在面前。
“你是谁？×2”
“来管你们的人。”小智说着就叫其它的宝可梦对付他们的手下，皮卡丘和喷火龙对付电击兽和飞天螳螂。
“皮卡丘对飞天螳螂使用十万伏特！喷火龙对电击兽使用喷射火焰！”飞天螳螂被皮卡丘的十万伏特电成了焦炭；电击兽也被喷火龙的喷射火焰烧成焦炭；而他们的手下有的被袋兽母子和妙蛙种子的藤鞭甩飞；被杰尼龟的水枪和比比鸟的燕返击倒。
“可恶！×2”亚斯和卡兹收回飞天螳螂和电击兽，握住彼此的手，亚斯道：“这个情况先暂时停战吧。”；
“没错直到把他们痛打一顿为止。”卡兹同意了亚斯的意见。
“兄弟们，啊！！×2”宝可梦虽然败了，但人还可以打，于是他们叫手下，手下们一口气向小智冲了来。
小智的宝可梦们刚想出手，小智做了个退下的手势要它们退下，说道：“人类与人类的争斗还是有人类自己决绝。”
于是小智一人冲去单挑众人，顿时全场硝烟四起，一阵烟雾过后一个人影从烟雾里出现，向亚斯和卡兹走了过去，当亚斯和卡兹看清人影的时候惊呆了，“那个人就是小智，烟雾散去他们的手下‘全军覆没’瘫倒在地”。
一个手下用尽最后的力气说道：“馆主……快跑……这小子绝对不是人……呃…………”
宝可梦世界的人体质都很强，小智一向被称为“超级真新人”是众所周知的，而这个小智可以说是“究级真新人”。
“好了以后你们两个和平相处吧。”小智双手叉腰说道。
“开什么玩笑。×2”两位馆主依然不服气，捡起棍子向小智逼近。
“等一下。”这时，出现了一个带着帽子，穿风衣，带着口罩和墨镜的人。
“什么？”“你是什么东西啊？”亚斯和卡兹问道。
“我是宝可梦联盟派过来的正义的鉴定员。”说着鉴定员扔出了精灵球，跳出了只带着护士帽的吉利蛋。
“难道你是……”
“没错，我的真正身份是…乔伊。”乔伊小姐真实了身份，后对亚斯和卡兹严厉的训斥道：“只会利用宝可梦来打架的人所开的道馆是绝对不可能获得宝可梦联盟正式承认的。”
“怎么会这样？”“可不可以请你网开一面呀。”两人底下头沮丧的说道。
“除非你们有重新再来的决心怎么样？”乔伊笑着说道。
“当然有了。”“该怎么做比较好，请告诉我们好吗？”两人恳求道。
“与其问我，你们倒不如问更适合的人。”乔伊说着向他们介绍了站在后面的人“小智”。
“我？”小智指着自己好像还不清楚乔伊的话。
“老师，请你给我们指点吧。×2”小智还没反应过来亚斯和卡兹就跪在了他面前。
于是小智吩咐他们复原黑暗市，然后像个老师一样给他们讲了很多，有他的训练家三原则还有“不可以把宝可梦用在人类与人类之间的争斗中；训练家的责任不是要锻炼出最强的宝可梦而是要构建人类与宝可梦的和谐桥梁，让更多的人喜欢宝可梦、爱护宝可梦、善待宝可梦。”
在小智的指点下，两位道馆馆主改邪归正，重建城镇，使镇的居民不再讨厌宝可梦训练家，城镇也恢复了和平。
皮卡丘也成了那三个小鬼头的小老师，给他们留下了他的小手掌印做签名。
离开了黑暗市，小智和皮卡丘继续前进。