小智一行人在旅途中来到某座城市的宝可梦中心，小智、小霞和小刚互相向介绍他们在路途中收服的宝可梦；小霞她在游町码头收服的墨海马唷唷唷喔区收服的可达鸭。小刚他在月见山收服的超音蝠，还有在美容街的宝可梦培育家小雪摆脱照顾的六尾。小智也给他们介绍的宝可梦，讲述了他在蓝普鲁奇和他们分别后发生的故事。
吃饭的时候，小智一行人谈论起了在大傻谷得到的宝可梦的蛋（小智保持沉默），一旁火箭队偷听到这个消息，然后趁机抢走了这枚蛋。小智一行人在找到火箭队时，喵喵正在照顾着蛋。在双方争夺蛋的时候，蛋孵化了，“原来这是波可比的蛋”。还好小智在蛋孵化前的瞬间及时把蛋扔给小霞，刚出生的波可比把小霞当成妈妈，小霞也非常高兴把波可比一直抱在怀里。喵喵含泪向波可比告别，要它“连他的份也一起获得幸福”。
宝可梦会把出生时第一眼看到的人当做父母。小智的皮卡丘有点特殊，当初没有把出生时第一眼看到的人（小智和花子）当做父母，不过对他而言小智的妈妈花子就是他妈妈，小智是兄弟（最重要的人）。
在旅程中，战斗必不可少。这天一个登山男要求对战，小智拿出妙蛙种子应战登山男的独角犀牛。
“独角犀牛，猛撞！”
“妙蛙种子，用藤鞭跳起来！”妙蛙种子用藤鞭敲打地面跳了起来避开了独角犀牛的猛撞，“飞叶快刀！”妙蛙种子使出飞叶快刀，一遍遍叶子从独角犀牛的方攻击——独角犀牛根本招架不住，输了。
独角犀牛是地面系加岩石系的妙蛙种子可以说完胜。
“妙蛙种子干得好。”妙蛙种子一副很痛苦的样子跪倒下来，小智立刻过去查看情况“你怎么了！？”妙蛙种子背的种子开始发光，小智立刻抱着妙蛙种子来到宝可梦中心。
乔伊把妙蛙种子带进治疗室检查，波可比突然兴奋起来小霞看向花瓶里的花朵渐渐盛开了。
过了一回儿乔伊走出治疗室，说道：“妙蛙种子只是开始出现进化的征兆。”
小霞和小刚连忙来向小智和妙蛙种子称赞，可小智觉得妙蛙种子好像有点不太高兴，但很快认为是自己的错觉。
然后乔伊带小智一行人走向窗口，外面的花朵开始盛开了转眼已经满花遍野还发出亮光，乔伊讲述了一个妙蛙种子的传说：“据说妙蛙种子到了某个时期，就会不知涌自各处，聚集在一块举办类似庆祝进化的庆典。而那个庆典呢，好像跟月亮的圆缺或是星星的运行有关。对了，它不见得是在每年的同样的季节举行的。”
“好浪漫哦~”
“看来我们好像是迎接了重要的时刻了。”
“进化是在哪里发生的呢？”
“再被称为不思议花园的地方哦~”
“不思议花园？”
“对，可是到目前为止从来都没有人看过那个地方，所以甚至被认为只是幻影呢。”
“不思议花园好想去看看。”小智默念道。
晚大家都在床睡觉，皮卡丘发现妙蛙种子跑了出来，于是就跟了去。
“嘎纳~！！”
“妙蛙种子！”小智突然梦到妙蛙种子出事了，惊醒过来。
“皮卡~皮~皮卡丘~！”皮卡丘跳到小智身。
“皮卡丘！怎么了？”小智看到皮卡丘焦急的样子意识到出事了。皮卡丘立刻用肢体语言告示小智，妙蛙种子出事了。小智叫醒小霞和小刚换好衣服跟着皮卡丘来到出事的地方。
“卡蒂狗，拜托了。”小智派出卡蒂狗；和皮卡丘用嗅觉找寻妙蛙种子。
跑了一段时间，四周开始飘来花粉，而且都是往一个方向流动，随着花粉越来越多一行人意识到不思议花园一定就在附近，突然四周伸出许多藤蔓开始把路堵塞起来。小智一行人可不会为这点小事屈服，趁还没被完全堵塞跳了过去，终于来到不思议花园。
“嘎纳~~嘎纳~~嘎纳~~嘎纳~~~~~~~”妙蛙种子们正在唱歌。花粉聚集到前面的干枯的大树，大树开始成长，树杆开出了美丽的花朵，接着一个巨大的身影从树洞里走出来。
“是妙蛙花！”
妙蛙花叫了起来，妙蛙种子们开始吸收花粉，一个个开始进化成妙蛙草。但小智的妙蛙种子却在忍耐，强烈抵抗进化，最后只有小智的妙蛙种子没有进化。这让妙蛙花和妙蛙草们非常不满，纷纷指责小智的妙蛙种子，它们大吵了一架，妙蛙花一气之下向小智的妙蛙种子挥出藤鞭。
“住手！！”小智冲去挡下妙蛙花的藤鞭，保护了妙蛙种子。
妙蛙花和妙蛙草们非常不欢迎闯入不思议花园的小智一行人。
“对不起我们不应该擅自闯进来，可是这只妙蛙种子是我的伙伴，大家是不是因为妙蛙种子不愿意进化而在生气。”
“（是的…！）”
“如果因为它而让庆典有瑕疵，做它的同伴我向你们大家道歉。”小智向妙蛙花和妙蛙草们低头道歉接着说，“可是请不要勉强它进化，尊重它的心情让自己选择。”
妙蛙花似乎被小智的打动了。
“说得对！！”天传来声音。
抬头一看，“又来是你们！”
“…………（火箭队开场白）”
“哈哈哈，妙蛙花，妙蛙草，收服了！”
“我按。”热气球下伸出一个管子，开始吸气，妙蛙草们被吸了进去。
“妙蛙种子我们去救它们！”太阳开始升起，妙蛙种子开始聚集阳光。“这个难道是…日光束（阳光烈焰）！”
日光束是草系最强招式，先聚集光线在发射。
“好讨厌的感觉！！！”妙蛙种子一击日光束将火箭队一炮击飞，妙蛙草们得救了。
妙蛙花伸出藤鞭向妙蛙种子表示感谢，妙蛙种子也伸出藤鞭，握手“不”是握藤和好。
告别了妙蛙花和妙蛙草小智一行人继续向红莲市前进。
小智知道妙蛙种子和皮卡丘一样不想被强迫进化，但皮卡丘是希望通过自己的努力和他的努力一起变强，一起打败对手，因为它相信凭借自己的能力也能战胜对手，正是抱着这样的信念，皮卡丘才不进化。小智还真希望能像那时一样听到它们的声音这样也许能知道“妙蛙种子以后会不会进化，但是那只有妙蛙种子自己知道，因为这是‘妙蛙种子的秘密’”。
“嘎纳~”