小智和皮卡丘来到某家宝可梦中心稍作休息，顺便给家里打电话，不用说又被花子唠叨了一顿。
“不好意思！乔伊小姐！这家伙拜托您了！我的水伊布（水精灵）…”一个人抱着一只受伤的水伊布慌慌张张的跑进宝可梦中心。
“让我看看，好重的伤，发生什么事了？”乔伊小姐检查了水伊布的伤势，问道。
“炎帝出现了！”
“炎帝！妈妈，不到意思，我要挂了。”小智非常吃惊，没想到炎帝会突然出现，就挂了电话，去问炎帝的事。
“我想着一定要收服它的…”他解释想收服炎帝结果被打倒了，乔伊小姐叫他别担心把水伊布带进了治疗间。
“你说炎帝？”小智前问道。周围的人听到炎帝分分凑过来。
“嗯。传说中的宝可梦，难得一见的稀有宝可梦中，真的好强，我的水伊布一下子就被打败了。然后它就消失在森林里了。”
“它应该还在附近！”“收服它的人是我！”听完在场的人全都分分跑进森林寻找，想收服炎帝。
“走吧，皮卡丘！”小智当然也很想见炎帝也跑进了森林。
小智和皮卡丘在森林里跑了不知道多久，终于在一块石头找到了炎帝。
“找到了！！×2”向右一看，原来是个穿着青蓝色衣服的少女。
“波加曼，拜托了。”少女朝小智笑了笑，就跑向炎帝，拿出精灵球，放出一只波加曼。
“等一下！先等一下！”小智只是想见炎帝，并不想收服它。立刻去阻止少女。
少女以为小智想和她争炎帝，没有理会，让波加曼用泡沫光线攻击。
炎帝纵身一跃，躲过了飞来的泡沫，跳到了小智身后。小智转身回头一看，炎帝和他对视的那一刻，虽然只有几秒，但时间仿佛停止了。回过神来，皮卡丘已经做好攻击准备。
“皮卡丘，先等一下！”小智立刻阻止皮卡丘。炎帝又跳回到原来的那块石头，喷出一道巨大的喷射火焰。还好小智和皮卡丘逃的快，差点被烧到。少女也抱起波加曼跑了起来，躲过了火焰。
“路卡利欧，波导弹！”在当炎帝想逃走，突然一个带着路卡利欧的少年，对炎帝发动了攻击，看样子他也想收服炎帝，虽然波导弹命中了，结果对炎帝没什么作用，路卡利欧被炎帝的喷射火焰打到了树。
“好，波加曼，泡沫光线！”少女件事立刻把波加曼从怀里抛了起来，用泡沫光线。没想到又被炎帝躲过了，一击踩踏把少女和波加曼、小智和皮卡丘都震飞了，炎帝跑了！
“真是的！都怪你让它逃掉了！”“波加~波加~”少女见炎帝跑了，少女抱怨起小智来。
“要对战吗？”小智发出对战的邀请。
“我接受你的对战请求，我是双叶镇的诚子。那边的男生，打倒这个人的话下一个就轮到你了。”诚子接受了小智的对战邀请转头看向带着路卡利欧的少年，问他要一起对战吗？
“也和我对战吧。”小智也向他发出对战邀请。
“我是帷幕市的宗次，对战就算了吧。”收回路卡利欧，宗次做了自我介绍，拒绝了对战。不过也是能理解的，因为路卡利欧是格斗加钢铁系的，所以刚才可能伤的不轻。
“想跑吗？”诚子不满的问道。
“给你们一个忠告，马暴风雨就要来了，赶紧去找避雨的地方吧。”宗次告诉他们要下雨了，说完离开了。
“暴风雨？”抬头看了看天空。
“你得在避雨前先给妈妈打个电话呢。”诚子吐槽道。
“开始对战吧！”小智想在下雨前赶紧对战。
“求之不得。”诚子也想在下雨前赶紧对战。
小智和诚子的对战才刚开始不久，波加曼的水炮一不小心击中了一条大岩蛇，大岩蛇痛苦的大叫起来，朝着波加曼冲了过来。
“波加~！”波加曼一时吓的愣住了。小智跳过去救下波加曼递给诚子就跑。但大岩蛇追着他们不放，小智只好挡在大岩蛇面前想让大岩蛇停下。可大岩蛇没有停下的意识，幸好诚子让波加曼用潮旋挡住大岩蛇。
“大岩蛇，吓到你了对不起，冷静下来。”小智立刻喊道。
大岩蛇看着小智的眼睛冷静了下来，转身钻洞离开了。
“大岩蛇，对不起。”“波加~波加~”诚子和波加曼向大岩蛇道歉后，她对小智刚才的行动刮目相看。
两人一起在回宝可梦中心路遇了一只小火龙，小火龙看起来很没精神尾巴的火焰很弱，小智想带它去宝可梦中心却被拒绝了，就皮卡丘去和小火龙交谈，后皮卡丘用肢体语言告诉两人这只小火龙是有主人的，只是它似乎和主人走散了，一直在等待主人回来接它。事后两人一起回到宝可梦中心，这时天空开始下雨了，小智开始担心起了小火龙。
“喝喝……”“哈哈……”
“怎么样？就是这么简单。”小智回头看到一个很嚣张的男孩，桌还放着堆精灵球。
“厉害哦！”“不愧是大佑哥。”“可是你大佑哥你没有小火龙不是吗？”周围的男生一个接一个的说道。
“当然有了，可是我那只小火龙实力太弱，连蚊香蝌蚪都打不赢有够差的。”这话让小智和诚子听了非常生气。
“结果那只小火龙它怎么样啦？”
“我把它丢到山里去了，它又够笨的，我丢了好几次它还是跟回来。最后我告诉它，你在这乖乖等我我会回来，它才没有跟过来，还傻傻的对我摇尾巴送我走呢。啊哈哈……”“哈哈……”大佑说完和他的小弟笑了起来。
“说不定呢，它还在山头哪里摇尾巴呢”“说不定尾巴摇的太用力把火都摇熄了呢”“这样就好玩了。喝喝……”小智早就已经忍不住走过去想教训他们。
“你给我说！你把小火龙，不，把宝可梦的命当什么啦！”小智前抓住他的衣领大喊道。
“什么嘛，你是谁？”
“小火龙会死的！”小智最恨把生命拿来践踏的人。
“少啰嗦！这件事情跟你没有关系。”
“回答我！”
“它死了又怎么样！”
“你这家伙！根本没有资格当宝可梦训练家！”小智去就是一拳。
见自己的老大被打他们也冲去帮忙，小智一下就解决了，还拿走他们所有的精灵球，打开大门放生了那些宝可梦。小智也立刻冲出去找小火龙，皮卡丘不用说，诚子也跟了去。
路小智叫出卡蒂狗和小火马，让卡蒂狗找避雨的地方，因为可能没时间回宝可梦中心还有他跑的快诚子追不他就让小火马接应皮卡丘和诚子，诚子骑小火马追了小智。
小智他们赶到的时候小火龙真用叶子挡雨保护快要熄灭的火焰，小智立刻将他搂入怀中用衣服帮他遮雨，这时卡蒂狗找到避雨的地方及时赶来，小智他们跟着卡蒂狗把小火龙带到一座山洞。
“你为什么要置之不理害它变成这样！”宗次从山洞跑了出来，他好像之前见过这只小火龙，他以为小火龙是小智的宝可梦，埋怨起小智来。
“不是小智的错！它被训练家抛弃，一直在雨中等着，相信训练家会回来接它。”还好诚子出来帮小智解释。
宗次相信了诚子的话，于是三人一起帮小火龙治疗，小火龙醒来看到小智，小智见小火龙醒来要它不用担心后，小火龙睡着了。三人晚也坐在一起开始聊了起来，在言语中宗次说他以成为“宝可梦博士”为目标。宗次问起诚子为什么来这里，诚子直说“一言难尽”就把话推给小智。小智当然说想成为“宝可梦大师”。一阵风吹来宗次和诚子收回了他们的宝可梦，但见皮卡丘不愿进精灵球相想配小智，卡蒂狗和小火马也是，路卡利欧和波加曼也从精灵球里出来配宗次和诚子，还有小智的其它的宝可梦也从精灵球里出配小智。
突然一个巨大的身影从洞口走了进来身后还带着几只宝可梦，原来是炎帝。
炎帝带着宝可梦们坐在一边的石头休息，小智发现其中有他之前放生的宝可梦，宝可梦很感谢小智从坏人手里解放它们。之后，宗次告诉小智和诚子自己是前来调查凤王和传说的三圣兽的。炎帝是传说的宝可梦的三圣兽之一。传说他们曾在烧焦塔的大火之中被烧死，之后被凤王复活，分别为落塔之雷、烧塔之火、熄火之雨，和雷公、水君成为了凤王观察人类的使者。还给他们看雷公、炎帝、水君和凤王图片资料，小智拿出虹色之羽，告诉他们，是在启程时遇到凤王后落下的。
宗次非常惊讶，说道：“凤王虽然很少出现在人类的面前，但是据说会给予极少数被看中的人类虹色之羽。”
“这么说我是被凤王看中了啊。”小智惊喜问道。
“但它为什么要送羽毛呢？”诚子好奇的问道。
宗次回答：“有这样的一个传说，受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士。”
“听起来好像很厉害的样子。”听完小智非常高兴的感叹道。
很快大家都进入了梦乡，黑影又在次出现。
“（看来他们已经知道了，炎帝你觉得他们怎么样？）”
“(本来以为是个冲动的冒失鬼，看来是个不错的家伙。)”炎帝看向小智救的宝可梦说道。
“(他可是凤王看中人，你早就注意到了把。)”炎帝是感受到虹色之羽的气息才出现的。
“（你不打算引导他去见凤王大人吗？）”
“（等他们变的更强再说吧。再说他还没通过我的试炼，现在就算想去我也会阻止他们。）”说完黑影又消失了。
第二天雨停之后，皮卡丘和小智醒来发现小火龙和炎帝它们都不见了。想小火龙可能是回去等大佑了，连忙叫醒宗次和诚子收回宝可梦一起去找小火龙，路遇到了火箭队。
“滚开！”
“好讨厌的感觉！！！”火箭队还没说台词就被小智一脚踢飞了。告诉宗次和诚子他们是坏人后继续赶路。
小智他们来到小火龙面前，小火龙还在等大佑。小智拿出录音机，放出他和大佑争执时的录音。小智知道和大佑那种人动手是很受屈辱的，但是为了小火龙和其它宝可梦，他怎能这么做，因为他知道没有证据小火龙不会相信自己被抛弃了。小智在冲动也会考虑到宝可梦的安慰，在争执前就设好录音机了。
另一边大佑正和他的小弟们向君莎小姐恶人先告状，说自己的宝可梦被小智抢走后，还把它们扔了。君莎小姐才不会听他们的，因为他们的名声太差了，反而还想谢谢小智替她没收他们的精灵球，放生宝可梦。
听完录音小火龙这才明白自己已经被抛弃了，伤心的哭了起来。小智摸着小火龙的头说道：“你愿意和我一起走吗？我永远不会抛弃你的。”
小火龙被小智的温柔打动决定和小智一起，小智拿出精灵球收服了小火龙，小智将其中一只宝可梦传送到大木博士呢。
“太好了呢，小智，皮卡丘。”
这时天空重新忽现一道彩虹，大家一下就被迷住了。宗次说道：“有人说凤王是住在彩虹的山脚下。”
这时虹色之羽开始发出光芒，小智把虹色之羽对着彩虹尽头一座山，宗次打开地图查出，呢座山叫天青山。小智决定要去天青山向凤王挑战，但在那之前要变得跟强。
小智因为还想一个人和皮卡丘一起旅行。交换了联系方式，三人决定在天青山回合开始了各自的冒险。
小智放出小火龙想和他走一段路，一个人和一只宝可梦出现在他们身后，这有黑影注意到他们。
“那个垃圾又被捡走了，我想很快又会被扔掉。”小火龙突然感到一种不安感回过头来。
“怎么拉，小火龙？”“皮卡丘~？”小智和皮卡丘疑惑问道。
“呜~（没事！）”