小智和皮卡丘来到了一片人烟稀少的森林迷路了。不过小智一点也不担心，因为他知道一定会有好事发生的，但他不知道为什么？也许是想起以前的剧情，还是他比较乐观什么的。在草丛中穿行。
“皮卡丘，我们在这休息一下吧。”小智走出草丛坐在一块石头休息。
这时他们突然发现一只走路草在喝水。小智想它或许能帮他们走出森林，于是就走去。结果不小心吓到了它，皮卡丘跳了过去拦住了它，突然一只妙蛙种子冲出来用藤鞭把皮卡丘打在一边，看他的样子是在保护走路草。
“妙蛙种子！我们不是坏人，我们这是想问走路草走出森林路。”“皮卡~皮卡~”小智和皮卡丘立刻向妙蛙种子解释。
妙蛙种子不理他们带着走路草跑了。
“皮卡丘我们去找他们。”小智很想收服妙蛙种子于是就带着皮卡丘向它们逃跑的方向前进。
他们走到了一座吊桥，没想到桥突然断了。还好小智眼疾手快，跳到了对面。但是前面还有无数的陷阱，不过对小智和皮卡丘根本不在话下，一个个都轻松度过。来到一座木屋，周围有很多宝可梦。宝可梦看到他们就躲起来，好像很怕他们。
“你们是谁？”一个穿着红色衣的女孩走了出来。
“我是真心镇的小智是宝可梦训练家，他是我的伙伴皮卡丘。我们只是迷路到这里，没有恶意。”
“这样啊！我是小翠，这里是宝可梦乡，是宝可梦的疗养院。”小翠相信小智告诉了他们这是什么地方。
这里有很多受伤和被抛弃的宝可梦，小翠在这里照顾受伤的宝可梦们，之前的陷阱是为了防止外人前来捕捉那些她照顾中的宝可梦设下的。小智就开始帮小翠照顾宝可梦，皮卡丘一下就和其他宝可梦打成一片。
“对不起走路草，我刚才吓到你了。”小智摸着走路草的叶子，向走路草道歉。
走路草原谅了小智。
“嘎纳！嘎纳！嘎纳！”妙蛙种子突然冲了出来撞向小智，没想到被小智一只手挡住了。
“妙蛙种子，你冷静一下，我们不是你的敌人。”小智的手撑着妙蛙种子的头说道。
“皮卡丘~”
“妙蛙种子它是在保护村子，他想要保护受伤的宝可梦们，不受外来的敌人攻击。其实妙蛙种子他是这个村子的保镖。”小翠过来解释道。
妙蛙种子还在推小智，想要小智离开。这让小智非常疑惑。
“没问题的妙蛙种子”小翠还在劝妙蛙种子停下。
“轰！！！！！！”
一个像巨蛋球场一样巨大的机器从天而降。
“什嘛？”
“……火箭队开场白。”不过这次说到一半就完了。
“这里所有的宝可梦我们全部都接收了。”
“就是这样。”
“喵，这就是你们用机关陷害我们的惩罚”
说完机器伸出一条吸管，开始吸气。
“大家快进木屋里！”
小翠立刻带着宝可梦们逃近木屋，走路草一不小心被吸了过去，还好妙蛙种子用藤鞭把它拉了回来。
“妙蛙种子。”小智立刻过去帮妙蛙种子，成功进入木屋。
“那个臭小鬼，他又想来破坏我们的好事了。”
“不过所有人都聚集在一个地方正合我意。”
“把那个破木屋一口气吸进来。”说完喵喵一按加大吸力，后开始欢呼庆祝。
眼看木屋快不行了，妙蛙种子跳了出来用藤鞭还击吸管，把吸管打坏了，管子开始吹风。
“出来把，巴大蝶、比比鸟，起风。”小智立刻拿出巴大蝶、比比鸟。两阵风撞在一起形成了龙卷风，把火箭队连机器一起吹跑了。
“好讨厌的感觉！！！”
“大家都平安无事实在太好了。”宝可梦没事了，小翠很高兴。
“嘎纳~嘎纳~”妙蛙种子也很高兴。
“小智，你想要妙蛙种子对不对？”小翠看出小智的心情问道。
“是啊！”
“要是不嫌弃的话你可以带他走哦。妙蛙种子牺牲自己，帮助这里的弱小宝可梦，但是继续这样下去的话它会成为井底之蛙的，如果继续留下来它不会成长的，背的植物也永远不会长大，所以我希望你能够带妙蛙种子，到外面的世界去。”小翠抱起妙蛙种子说道。
“那村子呢？”小智担心的问道。
“没错，妙蛙种子确实在保护村子方面有很多贡献，但是宝可梦们，是不能永远停留在这个地方的，有些宝可梦的复检早就已经结束了，可是因为住在这里太舒服了，它们竟然不愿回到外面的世界去，我希望它们恢复健康以后，能够回到原来的地方，希望这里的宝可梦们能够回到大自然，当然了如果有受伤的宝可梦过来，我会尽力的治疗它们的，但是治疗完以后，我希望它们回到原来的地方，这就是我的愿望。所以我希望，你带妙蛙种子到外面的世界，它不是那种一辈子呆在这里当保镖的宝可梦，他应该可以再更加的成长茁壮的，妙蛙种子有属于它的活跃的场所。对吧，小智，那就拜托你了。”小翠看着所有的宝可梦，最后对小智说道。
“好，我知道了。”小智当然同意。
“嘎纳~嘎纳~”妙蛙种子对小翠叫了几声，小翠笑了笑说道：“它说带它走可以，但是条件呢是你要打败它才可以哦，就这样啊。”
“嘎纳~嘎纳~”（是的）
“好！皮卡丘吧！”
“皮卡~”
妙蛙种子开始就用藤鞭，皮卡丘灵巧的躲过了藤鞭。没想到妙蛙种子用撞击撞了过来。
“铁尾。”皮卡丘立刻用铁尾迎击，妙蛙种子被击退后用藤鞭绑住了皮卡丘用力的往地砸。
“十万伏特！”皮卡丘的十万伏特通过藤鞭传到妙蛙种子被电焦了。
电系攻击对草系伤害不大，但因为被藤鞭绑住等于是零距离攻击，零距离攻击的话就会和普通伤害一样。
小智扔出精灵球（小智只有在距离远或是遇到容易逃跑还有特别强的宝可梦时才会使用发射器），成功收服了妙蛙种子。
“好诶！”小智高兴的跳了起来。
“皮卡丘~”皮卡丘也很开心。
“这是最好的结局了，小智。”小翠祝福的说道。
小智放出了妙蛙种子恢复了一下体力。
“路要小心哦。”
“你放心我一定会很疼妙蛙种子的。”
“要多多保重哦，过去真是谢谢你了。”小翠摸着妙蛙种子的头向妙蛙种子告别。
“嘎纳~”妙蛙种子也向小翠告别。
“我一定会带着妙蛙种子回来宝可梦乡的。”小智答应小翠会带着妙蛙种子回来宝可梦乡后向她告别。
“嘎纳~嘎纳~”妙蛙种子好像还有点担心。
小智为了不让妙蛙种子担心说道：“你以后还会有机会见到她的，走路草恢复健康以后，会离开那个村子的。”
“皮卡~皮卡~”皮卡丘也在安慰它。
“嘎纳~嘎纳~”妙蛙种子在小智和皮卡丘的安慰下放心了。
就这样小智和皮卡丘有新伙伴妙蛙种子的加入，继续踏向枯叶市的道路。
对了小刚后来也来到了宝可梦乡，之后的事情大家应该都知道了吧。