小智和皮卡丘一路见识了各式各样的训练家，像是猛兽使小明他虽然很严格，但很照顾他的宝可梦。当时他的穿山鼠和皮卡丘打成了平手，当时皮卡丘用铁尾打断了它的滚动，但穿山鼠使出地裂，皮卡丘使用电光一闪，皮卡丘用电光一闪抓住了穿山鼠结果两个一起掉到了裂缝里，等他们被挖出来已经两败俱伤了。之后小智和皮卡丘参观了小明的训练馆后，小明挥舞鞭子命令穿山鼠跳进水中，在给穿山鼠做克服弱点的训练。小智对他说别做的太过火最好别用鞭子，不是所有的宝可梦都会理解的。小明也听了小智的建议，不用鞭子，和小智约定等他达成一百连胜后改日再战。
“好浓的雾。”“皮卡~”小智和皮卡丘来到了一片被浓雾覆盖的森林，虽然小智有手电筒，但雾太浓了可能就要迷路了，或是已经迷路了，连他们自己也不知道。
“有亮光！”小智突然发现了亮光立刻和皮卡丘向有亮光的地方走去，想看看是人的话或许可以帮他们走出浓雾。
结果是一群学生在欺负另一个的学生，小智想起以前的世界里他常受人欺负。想教训一下那些欺负人的学生，于是拿出足球一脚踢了过去，击中了那个带头的脑袋，带头摔倒了。
“好痛！是谁踢的！？出来！”带头的学生捂着头拿起足球就喊。
“是我。”小智和皮卡丘走了出来。
“你为什么用球砸我！？”带头的气的把足球扔向小智，但小智一下就接住了。
“你还要问我，你们在干嘛？不许欺负人。”
“无关的外人不要多管闲事”“这是我们自己的特训。”欺负人的学生们接二连三的说道，还说：“这可是我们的友情。”
“说什么友情分明就是欺负人。”“皮卡，皮卡丘。”
“你小子欠揍是不是？”带头的说着就向小智举着拳头打了过去。原本他们这些学生是不能跟人打架的，但是小智先动手又有其他同学作证，所以他可以以自卫的理由不受学校的处分，结果被小智打了回去。
“可恶，一起！”于是所有学生们一起向小智冲了过去。
结果被小智打的一个比一个惨，因为小智在以前的世界里为了不让别人欺负，也为了保护一些东西，学了武术再加在这个世界又加强了锻炼，连五只格斗系宝可梦都不怕，那几个欺负人的学生根本不放在眼里，一下就被打跑了。
“你没事吧？”小智回头看向那个被欺负的学生。
“没事！”
“我叫小智他是我的伙伴皮卡丘。”
“皮卡丘~”
“他们为什么要欺负你？”
“我叫小淳，他们那是…”
“他们就是传说中的宝可梦班学生啊。”一个熟悉的声音，突然从后面传了过来。
“小刚？”小智转身一看原来是小刚。
“还有我呢。”有一个熟悉的身影出现在小智面前。
“小霞？”
“小智你也真是的竟然和别人打架，像小孩子一样。”其实小霞当时是想为小智收尸的，没想到他们一下就被小智打跑了。
“你们怎么会在这里？”小智惊讶的问道。
“你好小智，我们今天是来做宝可梦研究学校的特别讲师的。”小刚解释道。
“就是宝可梦训练家的学校，我记得有他们的传单。在这里！”小霞说着就从口袋里掏出一张传单，递给小智。面写着；全部住宿制、宝可梦训练家补习、班宝可梦研究班。从这个学校毕业后，不需要参加实战考试，就能够得到直接参加宝可梦联盟比赛的资格。
“总而言之参加这个研究班，就不需要到各地的道馆挑战，不收集徽章也能够在短期内得到资格，所以对想要成为宝可梦训练家的人们而言是梦想中的补习班。好像就是这个样子吧。”小刚解释道。
“面还这么写着，因为是全部住宿的彻底教育，所以学费跟教学费用不便宜。”小智拿着传单说道。
“没错，传说中啊这是只有全国超级有钱的富家子弟才能就读的名校哦。”小霞解释道。
“哪学校在哪？”
“就在哪里啊！”小淳手一指，这时浓雾散了原来他们已经在学校操场里了。这时广播响了‘今天的特别讲习，雾中的实习课现在结束，明天的实习课是在雪中进行。’听着广播小淳抱怨有会受气。
小智就问：“又会欺负你吗？”小淳向小智解释刚才那不是欺负是爱的鞭子。
“把那个称之为爱实在有些无知把？”小刚问道。
小淳却说；托他们的福，他变的对波波的知识十分了解。
“那刚才你为什么没有回答呢？”小智问道。
小淳解释说；因为我只知道这些而已，如果回答了他们就会拿出更难的问题，到时候就更难回答了。还说自己想要留在这所学校，因为父母是好不容易才让他进来的。说着就扭头看向坐在一棵树下的大叔，有些人留级好多年都没有毕业。他跟自己一样是初级的，初级是两个徽章，中级是四个徽章，高级或是毕业的人就可以直接参加联盟。
“你们老师有承认你们这种爱的特训吗？”小霞问道。
小淳回答：“他们没有承认，就算知道了也会装作不知道的。”
小智说；想见见他们的特训老大。
“就是她优等娇子！”小淳拿出一张照片。
“是女孩子！”小霞很惊讶。
“八年之后是个大美人耶。”小刚满脸通红的说道，脑子里想的大家都知道。
小智一声不吭一看到照片就很讨厌她。
“等一下！你为什么要带着这种欺负人的女生的照片？”小霞看去很生气的问道。
“有什么关系麻，只要可爱脾气坏一点也没关系。”看去小淳似乎对她有些着迷。
之后小淳带着他们来到学校并让他们参观学校，一路小霞一直用地震般的脚步像怪物一样。小淳向他们展示了学校的设施，一个界面很像宝可梦游戏的对战模拟器。看着对战模拟器小智想起了以前玩精灵宝可梦游戏的时候。小淳表示优等娇子已经是三个徽章的训练家水平，自己作为初级学生已经有相当于有两枚徽章的训练家水平。小智终于知道小霞和小刚为什么会来做特别讲师。
听了小淳这番话，小霞愤怒的说道：“够了你不要再吹牛了，你说你可以打赢我吗？我可是华蓝道馆的馆主。”
“华蓝市啊！是水系宝可梦的道馆，我在模拟赛之中赢了好多。你看！”说着小淳打开模拟器用口呆花打败了宝石海星。
小霞很不认同这些模拟的战斗，并说模拟的战斗无法说明现实的战斗，她要通过和小淳的战斗证明这点。小淳一下就答应了，带他们来到对战场。
小淳拿出口呆花，小霞拿出宝石海星。
比赛开始小淳非常自信，结果小淳还没反应过来口呆花就被打倒了。小淳很吃惊，自己竟然连还手的机会也没有。
“所以说你是不行的。”一个嚣张的声音从后面传来，大家回头一看原来是优等娇子。
“对手是华蓝道馆的馆主，她的水系宝可梦自然等级不低。你读书不够专心，看见你我都觉得碍眼呢！”
“优等娇子！”之前照片里的女孩子和那些欺负小淳的学生走了出来。
“八年以后您会是美女。”小刚已经傻了。
“您？这两人对我从来没有怎么尊敬。”小霞一看就很不爽。小智双手抱臂只是看着不知道自己已经被误会了。
之后优等娇子来了个中二的自我介绍，小智脑子里第一个想到“白痴！”。然后优等娇子狠狠的自责了小淳叫他如果不变强就不要在她面前出现，小淳很受打击。
“等一下，保护弱小的男生，才是真正的女人做的事！”优等娇子刚想走，小霞很生气的叫住了她。想和她较量，优等娇子一下就答应了。
优等娇子拿出了隆隆石，小刚很惊讶用岩石系加地面系的隆隆石对付水系。没想到隆隆石用滚动将宝石海星打出窗外掉到游泳池，小霞非常惊讶，她没有想到自己会输。小智心想：“看来宝可梦研究学校不只是对战技巧连训练都很完美。”众人来到游泳池优等娇子非常恶劣地嘲讽小霞说；只要计算等级与性格就能成为一流的训练家。
“不对！宝可梦不是取决于等级与性格的培养，而是要和宝可梦成为同伴！”小智十分愤怒的反驳了优等娇子。
“你是谁啊？”
“就是他刚才欺负我们。”欺负小淳的学生走说道。
“我叫小智，是你们先欺负小淳，我有两个徽章。”
“这么说你是初级的咯！连一只皮卡丘都教不好，任由它外头乱晃！一般是宝可梦都放在精灵球里！”
“我不想强迫他！巴大蝶、比比鸟、卡蒂狗、小火马也一样除了训练和不做坏事！”
“训练家一般都是随身带六只，你就只有五只！你还敢说有两个徽章。用皮卡丘作为最初拿到的宝可梦是十分糟糕的做法，更适合作女孩子的宠物！没有一本教课书会教人选皮卡丘。”优等娇子讥讽皮卡丘和他的宝可梦。
她不是看不起他和皮卡丘，而是看不起宝可梦，小智的怒气值已经达到了极点，喊道：“低能娇子！今天就让我当回老师，好好教育你！”
“皮卡丘~！”皮卡丘也很生气，电从脸颊不停发出。
“竟然说我低能！我才要好好教训你呢！”听到小智叫她低能，她很生气，从架子拿起一个精灵球派出卡拉卡拉。
“你不是叫低能娇子？”其实小智从开始到现在一直听错她的名字。
“皮卡丘，十万伏特！”对战开始小智就让皮卡丘用十万伏特。
“电击是没有用的！”优等娇子讥讽道。
“打个招呼而已，用铁尾！”皮卡丘一击铁尾打在了卡拉卡拉的头。
“骨头回力镖。”“避开后用电光一闪。”皮卡丘躲开了飞来的骨头，用电光一闪把卡拉卡拉击倒在地，卡拉卡拉站起来时被自己丢出去的骨头棒砸中而倒下。皮卡丘获胜。
优等骄子看见这种结果十分惊讶，并承认这些在教科书是学不到的，之后和小淳和解。在见证了小智的皮卡丘击败了优等骄子的卡拉卡拉后，小淳决定离开宝可梦研究学校而踏搜集徽章挑战道馆的旅程。小淳向优等骄子告别，并承诺要在联盟和她再次相会。之后小智当起了旁听生和他们了一天小霞和小刚的课。
下课后，小智准备离开小霞和小刚叫住了他，他们想和小智一起旅行。小智说；可以，但我想先和皮卡丘还有其他宝可梦一起旅行。
小霞和小刚答应了他，三人互相交换联系方式后开始了各自不同的旅程。
火箭队又不知飞哪儿，迷路了。