小智和皮卡丘在枯叶市前往的道路悠闲的走着，“砰！”的一声掉进了一个洞。抬头一看。“杰尼~，杰尼~，杰尼~”，原来是五只戴墨镜的杰尼龟。
小智带着皮卡丘从洞里跳了出来，就让皮卡丘用十万伏特攻击带着老大墨镜的杰尼龟想直接收服他，再好好教育其他杰尼龟。没想到一只杰尼龟挺身保护了他。
“杰尼~杰尼~，杰尼~（振作一点！可恶…）”
“皮卡~（你想怎么样！）”
“嘎美~嘎（要打架吗？）”
“皮~（谁怕谁了。）”
杰尼龟老大和皮卡丘对视了一会，这时传来一阵警车的声音。
“杰尼~，嘎美~嘎美~！（不妙，逃！）”
“杰尼~，杰尼~，杰尼~，杰尼~，杰尼~（逃啊，逃啊…）”杰尼龟们跑了，而且跑得比兔子还快。
“你们有没有受伤啊，没事吧？”君莎小姐赶来对小智和皮卡丘问道。
小智和皮卡丘在君莎小姐的带领下来到警察局，君莎小姐告诉他们刚才的那些杰尼龟叫杰尼龟军团。它们全都是被人抛弃的宝可梦，它们到处恶作剧，四镇的人都感到困扰。
“被人抛弃的…”小智看了看小火龙的精灵球。
“如果当初它们又遇到好的宝可梦训练家的话，那么现在它们就不至于变成那个样子。”君莎小姐也为它们的遭遇感到遗憾。
小智和皮卡丘离开警察局，来到一条河，拿出所有宝可梦，准备开始训练。
皮卡丘、巴大蝶、卡蒂狗、小火马、妙蛙种子、小火龙开始了分组训练，巴大蝶与小火马一组，卡蒂狗与小火龙一组，皮卡丘与妙蛙种子一组，互相进行不同的训练。小智负责对他们的能力进行分析和记录，再给他们进行不同程度的训练，有时自己也会和他们一起训练，虽然是用拳脚和足球（近战拳脚，远战足球）。还有他们不让他们下手太重，造成重伤或是打成濒死状态，当然还有防止他们破坏周围的事物。
正在他们训练的时候，杰尼龟军团的其中一只杰尼龟突然从水里冒出来，对他们用水枪对每一组都来了一发，害他们的训练一下就被打乱了。
皮卡丘刚想使用十万伏特，突然飞来三根绳子绑住了他和巴大蝶还有妙蛙种子。小智还没反应过来，三发水枪分别击中卡蒂狗、小火马和小火龙。带走了皮卡丘、巴大蝶、妙蛙种子，小智收回卡蒂狗、小火马和小火龙后，就追了去。小智心想：“他们真的是乌龟吗？怎么跑的怎么快？”
小智一路追到了一座悬崖下，杰尼龟军团阻挡在他面前。
“杰尼龟你们为什么要带走皮卡丘他们？”
“因为他们想用皮卡丘他们换伤药。”喵喵跳了出来说道。
“喵喵！难道是你们搞的鬼儿”小智很惊讶喵喵会出现。
“不！是你打伤他们的一员，所以我们做了个交易。就是用皮卡丘他们交换伤药，喵~”喵喵的解释让小智非常吃惊，其实他早就发现少了一只。
“都是我，太冲动了。害了杰尼龟，还有皮卡丘他们。”小智在心里不断自责。
“杰尼龟你们放心我的部下会在明天中午把伤药送来，喵~”喵喵神气的说道。
“伤药，我有！糟糕！”小智打开包却发现伤药用完了。
“杰尼~，杰尼~，杰尼~，杰尼~”喵喵翻译，他们说：“人类的话果然是不可信任的。”
“那这样好了，我在明天中午前把伤药送来，你们就把皮卡丘他们还给我。”小智恳求杰尼龟让他去城镇买治伤药回来。
杰尼龟最终答应放小智去买药，但是以皮卡丘他们作为要挟，威胁小智如果不按时回来的话就把他们交给火箭队。与此同时，武藏和小次郎洗劫了镇的杂货店。
“我要伤药！额…！”小智才刚来到镇反而被当做坏人，所有人都拿着枪对着他。
“等一下，这位少年他不是火箭队的人。”还好君莎小姐及时出现帮他。
但镇所有的伤药已经被火箭队抢走了，小智不甘的低下头来。君莎小姐把手放在他的肩膀告诉他，她的警察局还有伤药，小智立刻和君莎小姐赶回警察局取伤药。拿到伤药后小智立刻赶回悬崖下的藏身地。杰尼龟军团遵守约定把皮卡丘他们放了。
“轰！！！！！”
“对了，火箭队！”小智回头就看到火箭队的热气球。
“……”火箭队开场白。
“你们这群该死的杰尼龟，我来向你们报仇了。”武藏说完和小次郎就扔炸弹下来，轰炸他们。看来他们好像和杰尼龟军团有过节。
“大家赶快往洞窟里面逃难，快点！”小智带着杰尼龟军团和他的宝可梦逃到洞里。
回头一看杰尼龟老大摔了个四脚朝天。
“杰尼龟！危险！”千钧一发之际，小智跳了过去保护了杰尼龟老大，对他说：“杰尼龟，或许宝可梦是可以不相信人类，但人类一定会相信宝可梦。至少我是相信你们的，你们不是没把皮卡丘他们交给火箭队吗。”
“杰尼~”这让杰尼龟老大非常感动。一起逃回到洞里，小智和杰尼龟从洞窟的通道来到悬崖。
“杰尼龟，用水枪。”杰尼龟老大发动水枪招式击穿了火箭队的气球。
“好讨厌的感觉！！！”
虽然赶走了火箭队，但森林因为火箭队的轰炸着火了。
“照这样下去的话，火势会蔓延到镇的。”君莎小姐赶来说道。
“我有办法，杰尼龟拜托你们用水枪扑灭大火。”于是杰尼龟军团齐心合力，扑灭了火箭队造成的大火。之后小智治好了受伤的杰尼龟军团成员，大家一起回到了镇。
君莎小姐把镇的人都聚集起来，拿着一张感谢函念道：“杰尼龟军团由于你们的团结合作，我们小镇才免于受到森林火灾的波及。为了感谢你们，在此发给你们感谢函，并任命你们为本地区的消防队”，就这样杰尼龟军团成为了消防队。
小智和皮卡丘离开时，杰尼龟老大悄悄地在后面跟着他们。小智发现了他，并邀请他加入自己的队伍，于是杰尼龟也成为小智的宝可梦中的一员。