紫苑镇——玲奈在收拾富士爷爷的房间时无意中发现了一张照片，照片的人看起来是一家三口，爸爸妈妈中间有一个手里拿着帽子的可爱小女孩穿着白色的衣服。
“玲奈，你在看什么？”富士爷爷走了进来。
“富士爷爷，这张照片是？”玲奈自然的问道。
富士爷爷从玲奈手里接过照片说道：“那是我和我妻子、女儿。”
“那她们现在在哪儿？”
富士爷爷拿着照片走到窗前说道：“我女儿早夭（死了的意思），妻子也离开了我。”
“对不起…”玲奈意识到她让富士爷爷想起伤心的事，羞愧的了低下头道歉。
“没什么好道歉的，‘是我的错’。”富士爷爷看了看天空，“要变天了。——小智你遇到它的话一定要拯救它啊……我把一切都赌在你身了……”
天空突然下起了大雨，小智一行人收到新岛的邀请函，来到了位于新岛的码头——“老海岸码头”。当一行人到达码头的大厅时，早已是人山人海，连坐的地方都没有。
小霞拿出一块毛巾帮波克比擦雨水，抱怨道：“天气本来很好的嘛！怎么会…”
“人家都说海边的气候最善变了。”小刚看向天花板。
“皮卡丘，小心别感冒了。”小智也是赶紧帮皮卡丘擦雨水。
“咦！渡船停航？”，“不能去新岛了吗？”，“怎么这样……”
君莎小姐正在安抚众人，“各位请安静，这位就是管理码头的…”
“我是波佳，想了解大海的情况，就去听听大海的声音吧——不过也不需要去听了，你们看这么阴沉的天，这样的飓风还从来没见过。”蓝发的女士说道。
“有这么可怕吗？”
波佳继续说道：“连我在港口长大的人，都没经历过这样大的暴风雨。而且暴风雨就笼罩在这新岛的空呀，我是不可能让各位去冒险的，这是本人保护港口的职责。”
“就是这样，所以渡船取消航行了。”港口的管理员波佳认为今天的风浪异常大，建议大家不要出海。
“没问题的，我的宝可梦，我的宝可梦水性很好，它一定有办法渡海的。”一个穿蓝色衣服稍微胖的男生说道。
“等一下！我这么了解海洋，我都说不行了。”港口管理员波佳为了不让宝可梦和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航。
“是呀！万一宝可梦受伤了，也没有办法在宝可梦中心，为它治疗呀！”君莎小姐也赞同波佳的看法。
“为什么呢？”小智出面问道。
“宝可梦中心的乔伊小姐她失踪了，没有乔伊小姐就不能治疗宝可梦，那边的海报就是寻人启事。”君莎小姐头转向墙的海报解释说。
小刚觉得海报的乔伊小姐好像在哪见过，大家都没在意，因为乔伊小姐都长得一样。（不过只有小刚分得清）
很多训练家收到新岛主人的邀请函，便来到这里乘坐船去新岛，但是这里的管理员波佳认为今天的风浪异常大，建议大家不要出海。可是热情的训练家们跟本不顾君莎和波佳的反对，自行使用宝可梦去新岛——先是一个橙色衣服的男生骑着大比鸟（比雕），一个女生乘着白海狮，之前那个蓝衣男生骑着一只暴鲤龙，还有许多训练家拿出自己的宝可梦接二连三的朝着新岛出发。
“不要去！要逮捕人了哦~”不管君莎小姐怎么喊，训练家们对君莎小姐的听而不闻。害得君莎小姐的警帽都被大风吹跑了。
波佳说道：“还是没有办法阻止他们的，他们是宝可梦训练家，‘冒险者呀’。——如果能阻止得了的话，他们就不会聚集到这里来了。”看着出发前往冒险的训练家们，“祈祷他们平安无事吧。”
小智一行人来到岸边，小智拿着两个精灵球开始苦恼，“该怎么办？——要用他们吗，——再加小霞的宝可梦，还是有点冒险啊…”
正当小智烦恼前往的方法新岛之际，港口出现了一艘小船，船两个维京人打扮的船家答应在小智他们渡海。情况特殊小智也只能搭船。大风大浪中船不断颠簸航行的相当艰难，正当众人在海中央之时，突然一个大浪打来，让操纵小船的船家露出了真面目。
“你们是？！”
“是你们！”
“你们果然还是出现了…”
那就是我们的“火箭队三人组”。
“既然你诚心诚意的发问了。”
“我就大发慈悲的告诉你。”
“不要跟他们说那么多了…”
正当火箭队要说出那套可爱又迷人的台词之时，竟然突如其来的大浪把小船打翻了！小霞赶紧叫出海星星救下小刚去找小智跟皮卡丘。小智叫出杰尼龟和袋兽，小智为了应付坂木和这种情况事先教了袋兽冲浪招式。不过毕竟不是游戏，所以不是水系宝可梦的袋兽在海还是有点辛苦更何况是这种暴风雨。所以小智叫出杰尼龟帮助袋兽。
幸运的是三人成功会和，袋兽把小霞和小刚放到自己的育儿袋里，才不至于被大浪卷走，留下海星星和杰尼龟帮忙在海中航行，海星星在左，杰尼龟在右拉着袋兽抓紧，在波涛汹涌的海航行。
面对着汹涌的波涛，小智一行人艰难的航行着，跨过风越过浪在三只宝可梦的帮助下，三人终于成功抵达了新岛。游到新岛下面的楼梯口，就看到了那个影像中的女子提着灯等候他们。小智到陆地后，收回了两只宝可梦。女子念道：“欢迎各位光临本城堡，请拿出你们的邀请函。”
“是这个吗？”小智拿出之前那张卡片，卡片又出现了影像，“这些人确实是受到我们邀请的人。”
“啊！没想到你果然是她”这时小刚好像发现了什么。
“什么？”
小刚继续说道：“码头的寻人启事里的乔伊呀。”
“对耶！有点像。”小霞听了后也觉得像。
“你们在说什么？——我从出生以后就一直在这座城堡服务的人。好了，这边请吧。”说完后就引导着小智一行人向城堡里走去，“其他受到邀请的客人都已经到齐了。”
小智在见到这位女子她本人的时候就觉得这个人有点不对劲，眼神空洞好像被什么控制了一样。一开始来到宝可梦城的时候小智就感受到了强大的压力。城堡周围像是被什么东西保护了一样，外面明明是暴风雨，城堡周围却可以看到明亮的月光，暴风雨仿佛被隔离在外一般。这座宝可梦城里面一定隐藏什么，不入虎穴焉得虎子想知道真想只有继续前进。
小智一行人在女子的带领下小智等人前往宝可梦城，走过了一段很长的楼梯后，打开一扇大门小智等人终于到了一间明亮宽敞的房间里，女子关掉了手中的灯，“坐在那边的那些人，是比你们先到达的训练家。”长桌坐着三位训练家。
生命力顽强的火箭队三人组也来到了这座岛，后面跟着一只可爱的神秘宝可梦。