小智拿到了金黄徽章继续和皮卡丘一起往下一个目标彩虹市前进，途中收服了一只脾气很大的火暴猴，当时他还是猴怪小智和皮卡丘一不小心激怒了他，这时又遇到火箭队三人组突然横插一杠，激怒了猴怪使其暴走进化为火暴猴。于是小智决定收服它，不过这次他没有用宝可梦对战，而是自己去用拳脚对付它，最后将他打倒成功收服了它。遇到了宗次和诚子，因为是前往天青山必经之路，于是他们就一起开始旅行。
一天晚，诚子睡不着起身坐在湖边翻看照片，看到自己母亲时犹豫起来，水君突然出现在她面前，和她对视了几秒。第二天她把这件事告诉了小智和宗次，并且提到了自己母亲的事情。晚在宝可梦中心小智在电话里向他们介绍他的妈妈花子，之后宗次来到图书馆看到了一本关于凤王的书，面写着：‘凤王再高空中感受到人和宝可梦发出的“幸福波导”，并从中获得能量，反之也会被邪恶的波导夺走力量。’下一页写着虹色之羽，‘当其接触到邪恶之心的时候便会失去光彩。’小智拿出虹色之羽，还是一样散发着虹色辉耀。他没有发现，有个人偷偷注视着他。
这天小智和皮卡丘向往常一样进行着宝可梦对战，正当诚子想前与小智对战，被一个人抢先了。
一个凶狠的少年从人群中走了出来身后还带着只阿罗拉地区的宝可梦鬃岩狼人（黑夜的样子）。
“我叫克罗斯，我来当你的对手。”鬃岩狼人的训练家介绍道。
“你就是克罗斯！”小智可还记得大木博士说的第一个抛弃还是小火龙的火恐龙的家伙。
宗次和诚子听小智说过他，惊讶的看着克罗斯。
“原来你听过我？！噢，对了！你好像收服了那只没用的小火龙。”克罗斯无情的说道。
“才没有没用的宝可梦！出来吧，火恐龙！”小智早就想见到他后，用火恐龙。
火恐龙见到克罗斯非常的惊讶。克罗斯说道：“进化了吗！但就算进化了，弱小的家伙还是照样弱小。”
“没有这回事！他和训练家一起努力就会变强！”小智早就想教训这个叫克罗斯的家伙。
“出来吧，我最强的火系宝可梦，炽焰咆哮虎，准备战斗。”克罗斯派出了阿罗拉地区的炽焰咆哮虎。对小智说道“放马过来。”
“火恐龙，喷射火焰。”小智当然是先发制人。
在战斗过程中宗次发现疑问，为什么克罗斯不指挥炽焰咆哮虎，一副毫不在乎的样子？小智也觉得奇怪，但还是不断让火恐龙发动攻击。
焰咆哮虎退了几步喘了起来，克罗斯眼神一变，“差不多了，焰咆哮虎”焰咆哮虎也突然眼神一变，看起来好像一点事也没有。
“火恐龙，喷射火焰。”“我们也用喷射火焰。”两组火焰撞在一起，但克罗斯这边明显比较强，火恐龙被击倒在地。
“原来如此！”宗次终于知道了克罗斯的企图，焰咆哮虎的特性是“猛火”，所以故意接下攻击。
猛火是会在体力减少时，火属性招式的威力会提升的特性。
“火恐龙，喷射火焰。”，火恐龙站起后咳了起来，使不出喷射火焰（看来他还不习惯进化后的力量）。
“ＤＤ金勾臂。”克罗斯立刻展开攻势反击，“地狱突刺”ＤＤ金勾臂击中后，焰咆哮虎立刻使出了地狱突刺，将火恐龙击飞，砸在了墙，缓缓的走回场。
“要结束了，十字劈！”克罗斯毫不留情的攻了过来。
喷射火焰使不出、力量也比不过，小智一下慌了神不知该这么办。最后火恐龙再次击飞失去战斗能力，小智输了。
小智立刻跑过去查看火恐龙的情况，诚子和宗次也跑了过去。
“你太天真了，依靠廉价的友谊，因为糟糕的指挥而让宝可梦尝到了败北的屈辱，你是最差劲的训练家，不，你根本没有作为训练家的资格。”克罗斯的话对小智造成很大的打击。
回到宝可梦中心，不管诚子和宗次这么安慰小智，小智还是无精打采，看着受伤的火恐龙不断自责自己，跑出了宝可梦中心。皮卡丘、诚子和宗次追了过去。
皮卡丘追到了小智，小智伸出手说道：“皮卡丘你不用跟过来，让我静一静。”就继续走向森林。
小智坐在一棵树下，拿出虹色之羽，心想，“都是我的错！都是我害了火恐龙！要是我是真正的小智或许就不会这样了！凤王为什么会选择我？”黑影又再次出现对小智用了某种催眠术，让他陷入睡眠。
小智梦见：他回到了原来的世界。在船难中被救，开始了留学生活，但他很快就在想；“之前都是梦吗？我变成了小智，和皮卡丘、火恐龙还有其它宝可梦一起生活、一起旅行、一起冒险、一起对战、战斗、一起…”突然他的皮卡丘手办动了起来跑了出去，他追了去跟在后面。皮卡丘手办开始变大长出了毛，眼睛也有了生气，开始变成了真正的皮卡丘。周围开始崩塌消失，他追了去抱住了皮卡丘。
“皮卡~！皮卡~皮~”
“皮卡丘！”
小智醒了过来看到皮卡丘(诚子和宗次也在)，抱住了他。嘴里说着，“对不起”心里想着：“太好了，刚才的是梦，现在这不是梦，太好了。”
诚子捡起掉地虹色之羽递给小智，说道：“真是的，你们让我们找了这么久。”
“对不起。”
宗次说道：“你想要赢下所有的战斗吗？输才是真正考验训练家的时候。我是这么想的。”
“我知道。”
小智给他们讲述他做的梦，不过他说是：“没有宝可梦的世界”。
“也会有失去宝可梦的时候，我的父母因为工作的缘故经常不在家，伦琴猫就像我的父母一样一直照顾着我，不论何时我们都在一起。但是只有那天我一个人出门了，那天下着雪我迷了路倒在地，正当我快不行的时候伦琴猫发现了我，为了救我，伦琴猫……。在那之后我变得不敢与宝可梦太过友好，但是与路卡利欧的相遇，把我从那个状态下拯救了出来。”宗次讲述了年幼时经历同伴伦琴猫离世的故事。
黑影再次现身被大家注意到了，皮卡丘想抓住它，但黑影又消失了，皮卡丘扑了个空，不过小智等人看清了，它是只灰色的宝可梦。
一起回到了宝可梦中心，火恐龙已经恢复了健康，小智对他说了声“抱歉，对不起”。小智不会再迷茫了，因为他明白了；“不管他是不是小智，他都是皮卡丘和其它宝可梦的伙伴，‘大家都是家人’”。
第二天小智、皮卡丘和诚子、宗次一起出发前往彩虹市，黑影继续跟在他们身后。
“竟然一下就通过了我的试炼，而且丝毫没有污染虹色之羽，是时候带他们去天青山见凤王了。”