小智为了打倒金黄道馆馆主娜姿，和皮卡丘来到了紫苑镇想收服幽灵系宝可梦。小智原以为会和原版剧情一样，结果这次不是原版剧情而是起源片剧情。
听乔伊小姐说：“想去宝可梦的灵骨塔之前，一定要去宝可梦之家。”
于是小智和皮卡丘来到了宝可梦救助所。
“你好！有人在吗？”小智敲门进去。
“来了！”一个绑双马尾的女孩出来迎接他们。
“这里是宝可梦救助所对吧！”
“是的！这里是给被丢弃或者是没人饲养的宝可梦所提供的住所，照顾宝可梦的家。”女孩解释道完，就带着他们参观。
宝可梦之家里有很多人在照顾宝可梦。
女孩解释：“建造这所宝可梦救助所的富士爷爷说，‘世界有很多把宝可梦当做道具或者附属品利用的人。’这里本来是富士爷爷的家，为了宝可梦改建成了这个样子。”
“富士爷爷真是个好人啊！”看着周围的宝可梦小智感慨道。
“对，是啊！所有镇的人都来这里做志愿工帮助富士爷爷。我也是其中之一，我叫玲奈。”女孩解释完做了介绍。
“我叫小智，他是皮卡丘。”
“皮卡丘~”
小智也想帮忙，就在这时小智发现角落有个抱着一根骨头的小家伙，“是卡拉卡拉！”小智伸出手，卡拉卡拉向小智走了过来，小智用手抚摸卡拉卡拉，卡拉卡拉非常开心的接受小智的抚摸。
“好神奇哦！这只卡拉卡拉只愿意接近富士爷爷一个人，对其他人都很警戒。竟然会接近小智你？”玲奈惊讶的问道。
小智抱起卡拉卡拉回答：“我也不知道？只要我想帮助宝可梦伸出手，它们就像知道我会帮助它们一样接近我？”
玲奈惊讶的看着小智。
“对了！卡拉卡拉为什么会这样？”
“皮卡丘~？”
“因为火箭队。”
原来卡拉卡拉的母亲嘎啦嘎啦为了保护他而惨遭火箭队杀害。之后，被富士爷爷收养。
以前在偷猎时常出现误杀宝可梦的案例，所以后来宝可梦猎人们发明了一些不会误杀宝可梦的盗猎工具（如火箭队常用的网和宝可梦猎人J的手腕枪）。火箭队以前也是盗猎集团，后来才变成以统治世界为目标的组织。
“谢谢！我终于知道乔伊小姐为什么说，‘要去灵骨塔之前，一定要去宝可梦之家了。’”
“富士爷爷不仅是位亲切的人，对宝可梦的事他也都很了解。还教导了我许多知识。”
“那富士爷爷呢？”
“那个…”玲奈低下头好像有什么不好说的事。这时一个人从后门进来说：“找到富士爷爷了！”
“在哪，在哪里？”大家纷纷来询问。
“宝可梦的灵骨塔！？”听道宝可梦的灵骨塔大家非常惊讶。
“有人看到昨天富士爷爷独自进入宝可梦的灵骨塔。”
因为传说有幽灵，还有人亲眼看到。所以没人敢进去。
“那怎么办！”玲奈对大家的冷漠感到失望。
“我去吧！”小智站了出来，皮卡丘跳到了他肩膀。他们想去救富士爷爷。
于是小智和皮卡丘进入了宝可梦的灵骨塔。
“好暗啊。小火龙！”因为太暗小智拿出小火龙照明，走到了第六层。
“离开这里，快从这里离开。”一个像雾气一样的黑团向他们冲了过来。
“那就是大家说的幽灵吗？！”皮卡丘和小火龙做好战斗准备，和幽灵开战。
另一边卡拉卡拉突然焦躁起来，冲出了宝可梦救助所。玲奈也跟了去。
小智发现不管皮卡丘和小火龙用什么招式都对幽灵不管用，全都穿了过去。幽灵还继续说这：“离开这里，快从这里离开。”
正在小智焦急万分时，突然眼睛一亮！周围的一切都变成了蓝色光团，他也看清了幽灵的真面目，幽灵的真面目是嘎啦嘎啦！
“嘎啦嘎啦？难道幽灵是卡拉卡拉的妈妈嘎啦嘎啦？！”小智非常惊讶，立刻叫皮卡丘和小火龙停手。
“离开这里，他们在这里，不可以接近这里！”嘎啦嘎啦不断说着同样的话。
这时卡拉卡拉冲了过来抱住了她，果然那只嘎啦嘎啦就是他的妈妈，玲奈也赶了过来，等小智反应过来眼前的一切都恢复了原状。
嘎啦嘎啦得以超生消失了，留下一根粗骨头。卡拉卡拉拿起了他的妈妈粗骨头，向他妈妈默默说再见。
“吵死了！发生什么事啦？”两个人和一只猫走了下来。
“火箭队！又是你们！”小智一眼就认出了火箭队，难怪嘎啦嘎啦不让他们离开。
“……（火箭队开场白）”
“富士爷爷是不是被你们绑架了？”玲奈问道。
“是我们绑架的！”
“我们还想明天拿他当人质换宝可梦救助所里所有的宝可梦。”
“就是这样，喵~”
“皮卡丘，十万伏特！小火龙，喷射火焰！”小智立刻和火箭队开战。
“好讨厌的感觉！”火箭队从窗子飞了出去。
很快他们就找到了被绑架的富士爷爷，宝可梦的灵骨塔出了天已经亮了。小火龙突然全身发光进化成了火恐龙，小智非常高兴，富士爷爷看着小智和火恐龙好像在想什么。
回到了宝可梦救助所，卡拉卡拉变得开始亲近其他人了。富士爷爷很感谢小智拿出了一个盒子。打开盒子一看，小智惊讶道：“进化钥石！喷火龙进化石Ｘ！富士爷爷怎么会有这两样东西的？”
“原来你知道呀！这两样是我在卡洛斯地区得到的。这是谢礼收下吧，你一定会用到的。”富士爷爷解释道。
收下了进化钥石和喷火龙进化石Ｘ，告别了宝可梦救助所小智和皮卡丘继续往金黄市前进。