小智和皮卡丘在继续前往金黄市的路途，小智难得把所有宝可梦都拿出来一起走，但他却开心不起来，心里不知为什么有种不安。正在皮卡丘他们边走边玩的时候，突然传来一声宝可梦的惨叫，转头一看原来是一只大嘴雀在追一只粉红色的巴大蝶。巴大蝶立刻冲去救他的同伴。
“巴大蝶，起风！”小智立刻向巴大蝶发出指令。
一击击飞了大嘴雀，粉红色的巴大蝶飞到了小智的巴大蝶身边，跳起了舞。小智发现那只粉红色的巴大蝶是雌的，所以那是求偶舞，这下小智终于明白自己为什么会不安，因为巴大蝶就要离开了。
小智和皮卡丘他们跟着巴大蝶它们来到一个海边的峭壁。看见了满天的巴大蝶，就像他想的一样此时正值巴大蝶的产卵季节，周围还有一些训练家坐着热气球分分把巴大蝶放出来让它们找寻伴侣，然后飞过海洋去产卵。小智很快找到出租热气球的地方，因为每到这个季节巴大蝶的训练家就会来这里放蝶，所以有出租店。
小智知道和巴大蝶在一起的时间已经不多了，带着皮卡丘坐着热气球，想在最后好好陪着他，但只能在一边看巴大蝶和伴侣一起跳舞。
突然传来一阵巨大的“轰隆隆”声打破了这份宁静。原来是架直升机！
“是谁？！”小智愤怒的喊道。
“既然你诚心诚意的发问了。”
“我就大发慈悲的告诉你。”
直升机后面拖了条布写着；为了防止世界被破坏。为了保护世界的和平。（还有武藏、小次郎的头像）。
“贯彻爱与真实的邪恶。”
“可爱又迷人的反派角色。”
“武藏。”
“小次郎。”
“我们是穿梭在银河中的火箭队。”
“白洞白色的明天在等着我们。”
“就是这样，喵~”
火箭队坐着直升机出现了。
“有这么多巴大蝶在飞呢！”“顺便抓一大把”直升机伸出一张大网，他们开始抓巴大蝶。
“快住手！”
“皮卡丘~！”
“又是那个小鬼头，每次我们一出现一定会儿来捣蛋的。”
“可是这一次他们没办法出手了”火箭队非常得意继续抓巴大蝶。
粉红色的巴大蝶一不小心也被抓了，小智的巴大蝶想救出他的同伴和伴侣，挺身而出与火箭队交战。但还被火箭队逃走了，小智的巴大蝶不愿放弃追了过去。小智和皮卡丘因为坐的是热气球追不。转眼巴大蝶和火箭队都不见了。
“巴大蝶！”
“皮卡~！”
小智和皮卡丘坐着热气球四处寻找。终于找到了巴大蝶，巴大蝶伤痕累累的飞了过来，还没等小智和皮卡丘招呼他，巴大蝶就急着带小智和皮卡丘去火箭队的藏身地。
火箭队正在庆祝大丰收的时候小智和皮卡丘破窗而入。
“发生什么事了？喵~”
“你到底是什么人？快说！”
“既然你诚心诚意的发问了。我就大发慈悲的告诉你。为了防止世界被破坏。为了保护世界的和平。贯彻爱与真实的正义。可爱又迷人的…的…”
“皮卡丘~！”
“就是这样！快放了巴大蝶们！”
“模仿我们还说不清我们的台词？！”
“最后几句我念不下去！”小智不知道最后几句怎么改。
于是小智和火箭队展开了激战，趁小智分散火箭队的注意。小智的巴大蝶撞破了网子救出了被俘获的巴大蝶，接着皮卡丘一击“十万伏特”击飞了火箭队。
“好讨厌的感觉×3！”
回到了峭壁巴大蝶们已经准备开始渡海，小智拿出所有宝可梦和巴大蝶道别。
“巴大蝶我知道你很舍不得我们，但你该和你的恋人去南方了。”
巴大蝶依偎着小智，他当然也舍不得和小智分开。
小智推开了他，对粉红色的巴大蝶说：“他是个好蝶，以后就麻烦你了。”
“好了走吧，不然就跟不大家了。”说着，小智指向准备飞向南方的巴大蝶群。
巴大蝶留下了眼泪，他也不想离开小智，但他也想和同伴们一起去南方。最后他带着伴侣飞向了群体，飞向了南方。
目送巴大蝶的离开，皮卡丘和宝可梦们留下了眼泪向巴大蝶告别。小智转过身对他们说：“分别不代表永别，总有一天我们一定会再见面的。好了走吧，我们还要去金黄市呢。”
只有皮卡丘注意到小智留下的眼泪。