“呼，终于把3DS的终极红宝石打通关了。”小智看着自己3DS模拟器前出现的一周目剧情通关后的画面，也不枉自己废寝忘食连续熬夜奋战了这么久的结果，此时的他满脑子里想的是继续攻克二周目的剧情。
而我们故事的主人公就是这位叫做小智的少年，他目前已经是一位十九岁的青年了，也是要奔二的人了，他这个人那，也没有什么爱好，就是对PM神奇宝贝十分的情有独钟，无论是动画还是漫画或者游戏都是十分的熟悉，其中任天堂在GBA还有NDS发布的神奇宝贝系列的游戏更是玩了又玩，通了又通，简直比发烧友还要发烧，所以到了现在还一事无成。
至于为什么没有人来管小智，原因很简单，小智从懂事以来就是一个孤儿，一直以来都是孤孤单单的一个人，能够活到现在，还好有政府给予的福利才没有饿死街头，等到年纪足够大了，到处打工，干点体力活什么的，也够维持自己的开支了，再靠着自己省吃俭用下来的钱来租了个地下室住着，然后买了GBA，NDS游戏机开始了属于自己的神奇宝贝世界，再到现在最新的3DS游戏机。
“你想真正的来一次神奇宝贝的旅程吗？”本来打算继续着自己的二周目的小智看着自己手的3DS游戏界面突然冒出了这么一个莫名其妙的选项，让小智完全摸不着头脑了，他可不记得终极红宝石游戏中会有这样的选择画面。
就这样，小智看着这个莫名其妙选择画面，给愣住了。
就这样小智楞了足足有十秒钟左右的时间，都没有按下3DS的任何一个键，然后只见3DS游戏界面又出现了新的话语道。
“等待已经超过10秒，你已经错过了一次选择的机会，不过鉴于你的表现，系统已经当你是选择了‘是’默认了这一次的选择，不过没有了新手奖励，3秒以后进入神奇宝贝世界。”
“3！”
“2！”
“1！欢迎进入神奇宝贝世界。”
仅仅这几秒的时间里，小智的电脑里就闪现出这几段字幕，直到最后的‘1’出现的时候，小智依然还是处于呆愣的状态，他完全搞不清楚这究竟是怎么了。
不过时间已经不允许小智发呆了，因为小智才刚买没多久的3DS游戏机已经黑屏了，而且3DS小小的游戏屏幕还出现了类似于空间虫洞的虫洞旋涡，把坐在床发愣的小智给直接拉了进去······
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